Zuständig für den Betrieb der Schule inkl. Kindergarten ist die Einwohnergemeinde Wangen an der Aare als Sitzgemeinde. Die Schule Wangen an Aare umfasst alle schulischen Angebote der Volksschule des Kantons Bern, vom zweijährigen Kindergarten bis zum 9. Schuljahr.
Die strategisch-politische Führung der Schule obliegt der Bildungskommission, die sich aus Delegierten der Gemeinden Wangen an der Aare, Walliswil bei Wangen und Walliswil bei Niederbipp zusammensetzt.
Die betrieblich-operative Leitung sowie die Führung und Entwicklung der Schule ist die Aufgabe der Schulleitung.